Venendo all’odierna cittadina venne fondata sulle rovine dell’antico casale nel 1481. Nel 1507 Pietro Montaperto ottenne dal re Ferdinando lo “ius populandi” per la espansione dell’agglomerato urbano, e iniziò i lavori di consolidamento del castello e di costruzione della chiesa madre.
Nel 1649 Giuseppe Nicolò Montaperto, intervenne per reprimere una rivolta degli agrigentini contro il vescovo Trajna, accusato di costringere la popolazione alla fame. Per premiare il coraggio e la fedeltà dei Montaperto, Filippo IV di Spagna insignì la famiglia feudataria di Raffadali del titolo principesco. L’ultimo signore di Raffadali fu Salvatore Montaperto Valguarnera.
Agli inizi dell’Ottocento Raffadali si trasformò da borgo del feudo a borgo rurale di piccoli e medi proprietari, rimanendo ai vecchi feudatari il diritto enfiteutico sulle frazioni del fondo.
La storia di Raffadali si intreccia con quella della famiglia Montaperto, così anche il suo stemma, che trae origine dal blasone della famiglia nobiliare.

Il territorio di Raffadali, come quello del Comune di Aragona, ha fornito testimonianze preistoriche di estremo interesse. A pochi chilometri da Raffadali vicino la S.S. 118, detta Corleonese – Agrigentina, la montagna di Busoné, presenta molte tombe a forno e due grandi tombe a camera.
Da sempre a questa montagna è legata l’unica leggenda che si tramanda oralmente: ogni sette anni, a mezza notte, la montagna si apre mostrando al suo interno ricchezze di ogni genere e monete d’oro. Nel 1967, in seguito alla distruzione di una metà della montagna, venduta dai proprietari alla Italcementi, una fruttuosa campagna di scavi condotta da G. Bianchini, portò alla luce dentro pozzetti scavati nei pressi delle sepolture a grotticella, due piccoli idoli insieme a materiale pertinente alla facies di S. Cono Piano Notaro, databili all’eneolitico antico. Questi idoli, ottenuti da ciotoli fluviali, sono stati opportunamente lavorati con incisioni e pigmentazione ocracea, in corrispondenza delle linee anatomiche interne. Le due ‘Veneri di Busoné’ dovrebbero rappresentare la Gran Dea Madre della fecondità e della terra, e dimostrano il loro culto in Sicilia fin nella inoltrata età dei metalli. Anche la Montagna di Pietra Rossa, presenta una necropoli, precisamente dell’inizio dell’età eneolitica (4000 a. C.), come il vicino Cozzo Tahari ora quasi del tutto divorato dalle ruspe. Pochi anni fa, all’interno del colle Palombara, a tre chilometri ad ovest da Raffadali, un gruppetto di speleologi, entrati attraverso una ristretta imboccatura, hanno trovato, alla fine di un lungo cunicolo, uno slargo con stalattiti, e, saldate al suolo, ossa calcificate e cocci fittili della Facies Castellucciana.

Fino agli anni cinquanta, come testimonia Lo Mascolo a qualche centinaio di metri dall’abitato di Raffadali esistevano ancora grotte più ampie, ora del tutto scomparse, vere e proprie stanze scavate nella roccia: una vastissima, nel poggio di Terranova, un’altra semideruta verso nord – ovest scavata sul piccolo masso roccioso, su cui si levava la cappella della Madonna delle Grazie di cui prende il nome la contrada. Ancora altre grotte sul cozzo dove si eleva la chiesa di S. Antonio Abate presso la quale nel secolo scorso c’è n’erano altre.
La contrada Terravecchia, a nord da Raffadali al Km. 10 della S.S. 118, presenta moltissime tracce di un antico abitato. Da sempre il terreno ha restituito oltre a cocciame vario, macine, lucerne, monete, monili.
Nel 1973 fu effettuata una campagna di scavi durata dieci giorni dalla quale emersero fondamenta di abitazioni, frammenti di colonne, lastroni fittili, ecc…., tutto materiale del tardo periodo romano, attualmente conservati presso la Biblioteca comunale di Raffadali. Da alcuni studiosi come il Lapie, il Calderone, il Raccuglia e ai giorni nostri il Lo Mascolo si è voluto vedere in Terravecchia, alla luce dell’Itinerarium Antonini, la Statione Pitiniana, che serviva ai romani per rifornirsi di viveri durante le imprese belliche e che sorgeva a nove miglia da Agrigento.
Inoltre Grotticelle, che prende il nome dalle numerosissime tombe ad arcosolio e a loculo scavate nella parete verticale, presenta una grandissima necropoli del periodo tardo romano-bizantino (III – IV sec. d. C.).
Nelle vicinanze del centro abitato troviamo la contrada di Buagimi, già attestato come casale in un documento del 1271, che sembra ricollegarsi alla piazzaforte saracena di Bugamo descritta dal Malaterra. Nella sua storia racconta infatti che nel 1064 Roberto il Guiscardo, poiché l’assedio di Palermo andava per le lunghe, tolto il campo si diede a scorazzare per l’isola. Fu così che devastò i dintorni di Agrigento ed espugnò Bugamo a circa nove miglia da Agrigento e deportò a Scribla, nell’alta Calabria, tutti gli abitanti.

Ma la testimonianza araba più rilevante è quella della rocca di Guastanella. Fortezza montana di sito accidentato e di difficile accesso alla qila nel senso autentico della parola araba. J. Johns lo ha definito ‘un esempio splendido di insediamento musulmano’.
Esso consiste in un gran villaggio che si estende per una cresta ad est della sommità e sulla cima stessa, di una roccaforte straordinaria, in parte costruita in muratura, in parte scavata nella roccia, una fortezza rupestre di grandezza impressionante.
Monte Guastanella appare due volte nella storia della Sicilia arabo-normanna, in entrambi i casi, è registrata come centro della resistenza musulmana contro i cristiani: la prima volta, durante la conquistadell’isola da parte del conte Ruggero, e precisamente dopo la sconfitta di Benavet a Siracusa bel 1085, mentre i normanni si rivoltavano contro Chamut di Castrogiovanni, ed Agrigento era la prima a cadere.
Una volta che Ruggero ebbe assicurato la sua resa, si dedicò alle roccheforti musulmane della zona montagnosa tra Castrogiovanni e la costa, in poco tempo egli conquistò dieci di queste: Platanum, Missar, Guastanella, Sutera, Raselbifar, Mochuse, Naru, Calatanixset…., Licata, Remunisse.

La maggior parte di queste località sono state identificate: Platanum, monte della Giudecca presso Cattolica Eraclea; Missar, presso S. Angelo Muxaro; Sutera, Sutera; Naru, Naro; ecc….Guastanella, variante di Guastail e Guastil, è Monte Guastanella.
Dopo il 1086, non si ha notizia di Guastanella fino alla metà del XIII sec., quando appare per la seconda volta nelle fonti: ‘si trovava dentro i confini della diocesi di Agrigento ma, la maggior parte delle roccaforti siciliane, non fu infeudata e apparteneva al demanio reale’. Poi, durante la grande ribellione musulmana che cambiò profondamente l’aspetto della Sicilia, Gustanella appare come centro dei ribelli saraceni del val di Agrigento.
Nella cronologia del vescovato di Agrigento nel Libellus de Successione pontificum, compilata dopo la metà del XIII sec. si legge che Urso vescovo dal 1191 fu ‘preso dai saraceni e incarcerato nel castello di Guastanella e fu riscattato per 5000, tarì’.
E’ probabile che il castello e l’insediamento furono ambedue abbandonati nel 1250 circa, al tempo della soppressione definitiva della ribellione musulmana.